Ich würde die Werkstatt auch mal höflich drauf ansprechen, ob denn die Nabe UNTER der Bremsscheibe SPIEGELBLANK geputzt wurde, ob die Scheiben TROCKEN (kein Fett, Kupferpaste o.ä.) montiert wurden, ob die Führungshülsen der Sättel getauscht wurden, Gängigkeit der Bremskolben geprüft wurden.
Dazu die Frage: wie alt sind die Bremsleitungen? Die quellen gern nach innen - ergo nicht sichtbar - zu. Ein Austausch nach nun mehr 14+ Jahren wäre kein Beinbruch.
Ansonsten sind hier mal im Überblick alle relevanten Punkte zusammengefasst:
Ansonsten steht schon alles oben zum Thema "Zustand der Achse prüfen".. davon haben leider zu wenig Leute wirklich Ahnung, was den E39 angeht.