Hinterher wird nicht mehr klappern, wenn man es richtig ausbaut. Hab es selber schon zweimal ausgebaut gehabt Umbau auf einen schwarz/beigen Innenraum und wegen Umstieg auf ein beledertes Armaturenbrett.
Bei mir ging es diesen Winter leider auch los mit Störgeräuschen 
Schleifring oder Lenksäulenverkleidung, Gebläsemotor und beim Fahrergurt oben das Plastikteil, wo er in der B Säule verschwindet.
Bis auf den Gebläsemotor werde ich die Teile demnächst ausbauen und dann ersetzen oder mit z.b. Silikonspray behandeln.
Wenn du die Geräusche nicht orten kannst, lass eine zweite Person fahren und versuche dann die Geräusche zu lokalisieren.
Normalerweise klappert im E39 nichts und wenn ja, muss es eigentlich mit relativ überschaubarem Aufwand reparabel sein.
